Falls Dein Megane Erstzulassung vor Mitte 2017 ist würde ich darauf tippen, dass das Steuergerät noch einen alten Softwarestand hat. Der alte Softwarestand hat sich bei kühlen und kalten Außentemperaturen genau so verhalten, wie von Dir beschrieben. Dann musst Du in die Werkstatt und das Update für das Klimaanlagensteuergerät aufspielen lassen.
Wichtiger Hinweis nebenbei: Das hat nichts mit dem R-Link-Update zu tun!
PS: Ich sehe gerade, dass Du von der Ostalb kommst. Falls Deine Werkstatt nichts machen kann, fahre im Zweifel mal zu Auto Stoll in Crailsheim. Ist zwar ein Stück, aber die wissen immerhin mit dem Problem umzugehen.